На данном скрине показаны все возможные варианты обмена документами. Возможно Все они Вам и не понадобятся. Некоторые параметры связаны с другими, поэтому если не включен "родительский" параметр, "дочерние" не будут показаны.

В приложении используются следующие правила:

• сделка Битрикс24 = заказ покупателя МойСклад;
• счет Битрикс24 = счет МойСклад;
• номер счета Битрикс24 = номер счета МойСклад;
  

Назначение кнопок и переключателей:

• Битрикс24.Выгружать счета - включение этой опции подключает выгрузку новых и измененных счетов из Битрикс24 в МойСклад. Обмен запускается автоматически сразу после сохранения счета.
• МойСклад.Выгружать оплаты. Зависимый параметр от Битрикс24.Выгружать счета. При включенном параметре при поступлении оплаты по счету в МойСклад (входящий платеж \ ПКО) счету автоматически будет выставлен флаг оплаты и указаны данные платежного документа. Факт частичной или полной оплаты счета не анализируется.
  
• МойСклад.Выгружать счета - включение этой опции подключает выгрузку новых и измененных счетов из МойСклад в Битрикс24. Обмен запускается запускается автоматически сразу после сохранения счета.
• Битрикс24.Удалять счет Б24 при удалении счета МС - зависимый параметр от МойСклад.Выгружать счета. При включении данной опции и включенной "корзине" в МойСклад при следующем обмене будет предпринята попытка удалить соответствующий счет в Битрикс24.
• Битрикс24.Выгружать сделки в заказы - включение данной опции обеспечивает выгрузку сделки Битрикс24 в МойСклад в "реальном" времени сразу после сохранения. На стороне МойСклад возможна задержка в 5-6 секунд.
• МойСклад.Выгружать заказы в сделки - включение этой опции подключает выгрузку новых и измененных заказов покупателя из МойСклад в Битрикс24. Обмен запускается автоматически сразу после сохранения заказа. При создании новой сделки в Битрикс24 ей присваиватеся название по правилу "Заказа покупателя № номер_заказа_МойСклад".
  
• МойСклад.Удалять сделку при удалении заказа - зависимый параметр от МойСклад.Выгружать заказы в сделки. При включении данной опции и включенной "корзине" в МойСклад при следующем обмене будет предпринята попытка удалить соответствующую сделку в Битрикс24.